Cuentan las leyendas más antiguas que, en un día de tempestad, un barco extranjero halló refugio en la costa de Cee. Cuando vieron que las nubes se disipaban y el tiempo amainaba, los marineros se dispusieron a emprender el viaje de vuelta. Para su sorpresa, sintieron como una fuerza externa a ellos los obligaba a permanecer en el sitio. Al ver que sus esfuerzos no daban resultado, decidieron adentrarse en tierra firme. Fue al poner un pie en el que hoy es Cee, cuando encontraron entre unos juncos una imagen de la Virgen con el niño en brazos. A partir diera día, esa Virgen pasaría a ser conocida como la Virgen de la Xunqueira o «La Aparecida».
En su honor, se erige la Iglesia de Santa María de Cee. La fecha exacta de construcción nos es desconocida. Las primeras referencias documentales encontradas datan del S.XV, pero las características estilísticas de su capilla mayor son el reflejo de la segunda mitad del S.XIV.
Los días 13 y 21 de abril del año 1809, durante la Guerra de Independencia Española, la Iglesia es incendiada por las tropas Napoleónicas. De las llamas del fuego no se salvó nada, excepto parte de la capilla mayor y un palio del S.XVII.
Entre todos los bienes que se perdieron en el incendio, se quemaron los dos retablos que el vecino y reconocido arquitecto ceense, Domingo Antonio de Andrade, había creado para la iglesia de su villa natal.
En los siglos XIX y XX, se procede a levantar en el emplazamiento de la antigua iglesia el edificio que a día de hoy es el Santuario Nuestra Señora De la Xunqueira.
