Contan as lendas máis antigas que, nun día de tempestade, un barco estranxeiro achou refuxio na costa de Cee. Cando viron que as nubes se disipaban e o tempo amainaba, os mariñeiros se dispuxeron a emprender a viaxe de volta. Para a súa sorpresa, sentiron como unha forza externa a eles os obrigaba a permanecer no sitio. Ao veres que os seus esforzos non daban resultado, decidiron adentrarse en terra firme. Foi ao poñer un pé no que hoxe é Cee, cando atoparon entre uns xuncos unha imaxe da Virxe co neno en brazos. A partir dese día, esa Virxe pasaría a ser coñecida como a Virxe da Xunqueira ou “A Aparecida”.
Na súa honra, eríxese a Igrexa de Santa María de Cee. A data exacta de constución énos descoñecida. As primeiras referencias documentais atopadas datan do S.XV, pero as características estilísticas da súa capela maior son o reflexo da segunda metade do S.XIV.
Os días 13 e 21 de abril do ano 1809, durante a Guerra de Independencia Española, a Igrexa é incendiada polas tropas Napoleónicas. Das chamas do lume non se salvou nada, excepto parte da capela maior e un palio do S.XVII.
Entre todos os bens que se perderon no incendio, queimáronse os dous retablos que o veciño e recoñecido arquitecto ceense, Domingo Antonio de Andrade, creara para a igrexa da súa vila natal.
Nos séculos XIX e XX, procédese a levantar no emprazamento da antiga igrexa o edificio que a día de hoxe se coñece como Santuario Nosa Señora Da Xunqueira.
